Завершен
2022 / 2023
255 Симулятор вирусных генеалогий
Старт
24.09.2022
Представление
22.10.2022
Постерная сессия
23.01.2023
Защита
27.09.2023
Паспорт проекта
Аннотация
**Аннотация 2022-2023**
Компьютерное моделирование играет ключевую роль при разработке новых методов анализа геномных данных, особенно для оценки корректности и точности работы методов. Нами был разработан симулятор вирусных генеалогий VGsim, позволяющий моделировать генеалогии миллионов образцов вируса, что соответсвует масштабу современных и перспективных задач геномной эпидемиологии, а также опубликована статья в журнале PLOS Computational Biology. Сложность эпидемиологических процессов, а...
Отрасль
Информатика
Теги
Информатика
Цель
Разработка симулятора вирусных генеалогий
Ожидаемые результаты
- 1) Построение математических моделей для таких явлений как события суперраспространения, гибкой модели иммунитета, жизненного цикла вируса, а также различных стратегий сбора образцов.
- 2) Разработка соответствующих алгоритмов и реализация этих моделей в симуляторе VGsim (в прямом проходе, основанном на алгоритме Гиллеспи для моделирования случайных эпидемиологических кривых, и в обратном проходе, основанном на аналоге структурированной коалесцентной модели для моделирования вирусных генеалогий).
Форма и способы промежуточного контроля
Еженедельные личные встречи, отчёты, Telegram.
Форма представления результатов
Отчёт, программный код на GitHub, пользовательская документация.
Ресурсное обеспечение
Суперкомпьютер НИУ ВШЭ, библиотека НИУ ВШЭ, ресурсы международной лаборатории статистической и вычислительной геномики.
Имеющийся задел
Симулятор вирусных генеалогий VGsim https://github.com/Genomics-HSE/VGsim, опубликована статья https://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.1010409