Логотип МИЭМ НИУ ВШЭ
Завершен
Логотип типа проекта Научно-исследовательская работа
Научно-исследовательская работа
2020 / 2021
Логотип проекта Моделирование популяций и изучение точности алгоритмов в популяционной геномике
    От компании

189 Моделирование популяций и изучение точности алгоритмов в популяционной геномике

Старт
14.09.2020

Паспорт проекта

Аннотация

Популяционная генетика - одна из наиболее активно развивающихся наук. В последние годы мы получили доступ к беспрецедентно большому количеству секвенированных последовательностей, представляющих разнообразные популяции, и покрывающих широкий спектр пространственных и временных точек. Анализ таких последователностей требует эффективных методов численной реализации моделей, а также понимания, как те или иные гипотезы или ошибки в параметрах могут влиять на гипотезы и оценки.

Отрасль

Информатика

Теги

Информатика

Цель

Реализация алгоритмов и моделей популяционной геномики, численная проверка теоретических результатов, а также численное исследование влияния различных популяционных параметров на генетическое разнообразие.

Ожидаемые результаты

  • - Реализаяция симулятора генеалогий и их визуализация
    • - Реализаяция модели MASCO, вычисление правдоподобия генеалогических деревьев

      Форма и способы промежуточного контроля

      Еженедельные личные встречи, отчёты, Slack, Trello.

      Форма представления результатов

      Презентация, глава для черновика статьи по результатам исследования, программный код на GitHub.

      Ресурсное обеспечение

      Суперкомпьютер НИУ ВШЭ, библиотека НИУ ВШЭ, ресурсы международной лаборатории статистической и вычислительной геномики.

      Имеющийся задел

      Заполнено автоматически

      Заказчик