Логотип МИЭМ НИУ ВШЭ
Завершен
Логотип типа проекта Программный
Программный
2022 / 2023
Логотип проекта Применение скрытых марковских моделей в популяционной геномике

    1338 Применение скрытых марковских моделей в популяционной геномике

    Старт
    10.11.2022
    Представление
    01.02.2023
    Постерная сессия
    17.04.2023
    Защита
    05.06.2023

    Паспорт проекта

    Аннотация

    Перемешивание популяций - один из основных процессов, создающих внутривидовое генетическое разнообразие. Научная проблема проекта состоит в математическом моделировании влияния процессов перемешивания в разных масштабах времени (например, древнее примешивание Неандертальцев к предкам современного человека или недавнее смешение европейцев, коренных американцев и африканцев в Мексике) на генетическое разнообразие, а также в разработке методов и анализе экспериментальных генетических данных для...

    Отрасль

    Информатика

    Теги

    Информатика

    Цель

    Реализовать метод определения древнего и недавнего примешивания в геномах современных популяций.

    Ожидаемые результаты

    • Реализация математической модели и метода определения древнего и недавнего примешивания в современных популяциях в виде программного кода на языке Python 3.

      Форма и способы промежуточного контроля

      Еженедельные личные встречи, отчёты, Slack.

      Форма представления результатов

      Научный отчёт, программный код на GitHub

      Ресурсное обеспечение

      Суперкомпьютер НИУ ВШЭ, библиотека НИУ ВШЭ, ресурсы международной лаборатории статистической и вычислительной геномики.

      Имеющийся задел

      Прототип HMM (программа на python 3)

      Заказчик

      НИУ ВШЭ / Международная лаборатория статистической и вычислительной геномики