458 Анализ генотипов тканей раковых опухолей

Vladimir Shchur

руководитель проекта

Старт

01.09.2021

Представление

11.11.2021

Постерная сессия

15.02.2022

Защита

18.04.2022

Паспорт проекта

Аннотация

Проект сменил направление из-за недостатка экспериментальных данных для задачи анализа вирусной нагрузки SARS-CoV-2 и предсказания тяжести течения болезни. **2021-2022** Анализ генетического разнообразия раковой опухоли важен для определения мутаций-драйверов, их эволюционной приспособленности (например, в виду устойчивости к определенному виду лечения). Недавно опубликованные данные секвенирование опухолей у пациентов с раком груди, дают возможность увидеть динамику изменения частот вариантов...

Отрасль

Информатика

Цель

Разработка метода определения генотипов тканей раковых опухолей по нескольким биопсиям.

Ожидаемые результаты

Будет разработан прототип метода определения генотипов тканей раковых опухолей.

Форма и способы промежуточного контроля

Еженедельные встречи. Письменные отчёты. Программный код на репозитории GitHub.

Форма представления результатов

Презентация с результатами исследования. Научный отчет с результатами исследований.

Ресурсное обеспечение

Суперкомпьютер НИУ ВШЭ. Ресурсы лаборатории статистической и вычислительной геномики. Библиотека и цифровые ресурсы НИУ ВШЭ.

Имеющийся задел

По итогам предыдущего этапа проекта была исследована геномная эпидемиология ранних стадий пандемии COVID-19. В частности детально изучено распространение вируса в одной из больниц города Санкт-Петербург. Результаты работы опубликованы в статье Komissarov et al (2021) Genomic epidemiology of the early stages of the SARS-CoV-2 outbreak in Russia. Nature Communications.