255 Симулятор вирусных генеалогий

Vladimir Shchur

руководитель проекта

Старт

20.05.2020

Паспорт проекта

Аннотация

**Аннотация 2021-2022** Компьютерное моделирование играет ключевую роль при разработке новых методов анализа геномных данных, особенно для оценки корректности и точности работы методов. Симулятор вирусных генеалогий *VGsim*, разработанный сотрудниками международной лаборатории статистической и вычислительной геномики (в частности, в рамках этого проекта) на данный момент является самым эффективным решением для этих целей. На новом этапе проекта необходимо добавлять новый функционал, разработать...

Отрасль

Информатика

Цель

Разработка симулятора вирусных генеалогий

Ожидаемые результаты

**2021-2022**
* Новый пользовательский интерфейс и новые функции симулятора
* Оптимизация модели миграции
* Tau-leaping алгоритм
**2020-2021**
- Разработка базового класса с событиями рождения, смерти, отбора, мутации в одной популяции и миграциями между популяциями.
- Варианты под естественным отбором (включая взаимодействие между генами).
- Генерация генеалогии образцов по цепи событий.
- Возможность изменения иммунитета (например, для моделирования вакцинации или потери иммунитета).

Форма и способы промежуточного контроля

Еженедельные личные встречи, отчёты, Slack, Trello.

Форма представления результатов

Отчёт, препринт, программный код на GitHub.

Ресурсное обеспечение

Суперкомпьютер НИУ ВШЭ, библиотека НИУ ВШЭ, ресурсы международной лаборатории статистической и вычислительной геномики.

Имеющийся задел

Симулятор *VGsim*. Программный код https://github.com/Genomics-HSE/VGsim Препринт https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.04.21.21255891v3

Заказчик

Организация / Международная лаборатория статистической и вычислительной геномики