254 Моделирование генетического перемешивания популяций

Vladimir Shchur

руководитель проекта

Старт

15.09.2022

Представление

22.10.2022

Постерная сессия

23.01.2023

Защита

27.01.2024 – 07.02.2024

Паспорт проекта

Аннотация

**2021-2022** Перемешивание популяций - один из важнейших факторов, определяющих их генетическое разнообразие. В прошлых этапах проекта исследовалось недавнее примешивание (в пределах нескольких десятков поколений). С другой стороны, человеческая популяция испытывала и древние примешивания, например, от неандертальцев и денисоцвцев. Такие примешивания можно определить, сравнивая участки ДНК в современных генома с соответствующими участками геномов древних людей. Также существуют гипотезы и...

Отрасль

Информатика

Цель

**2022-2023** Разработать прототип метода для определения примешивания древней призрачной популяции из предковых графов рекомбинаций **2021-2022** Завершение разработки метода оценки времен с помощью сцепления трех локусов, применение метода к экспериментальным данным из открытых источников **2020-2021** Цель 1: изучение генетического разнообразия коренных народов Южной Америки Цель 2: разработка метода оценки времен с помощью сцепления трех локусов

Ожидаемые результаты

Прототип метода определения примешивания "призрачных" древних популяций (то есть популяций, для которых не имеется археологических свидетельств) из геномов современных людей.

Форма и способы промежуточного контроля

Еженедельные личные встречи, отчёты, Slack.

Форма представления результатов

Отчёт, программный код на GitHub.

Ресурсное обеспечение

Суперкомпьютер НИУ ВШЭ, библиотека НИУ ВШЭ, ресурсы международной лаборатории статистической и вычислительной геномики.

Имеющийся задел

Разработан метод LaNeta для определения множественного примешивания на основе неравновесного сцепления 3 локусов, опубликована статья https://journals.plos.org/plosgenetics/article?id=10.1371/journal.pgen.1010281