254 Моделирование генетического перемешивания популяций

Vladimir Shchur

руководитель проекта

Старт

20.05.2020

Паспорт проекта

Аннотация

**2021-2022** Популярные методы для оценивания времен примешивания популяций, основанные на моделях из программ ROLLOF и ALDER, используют неравновесное сцепление двух локусов и позволяют найти время только в случае единичного примешивания. Метод, разработанный нами в этом проекте, использует неравновесное сцепление трех локусов и оценивает времена примешиваний в более сложных популяционных сценариях с несколькими событиями примешивания. **2020-2021** За последние десять лет значительные...

Отрасль

Информатика

Цель

**2021-2022** Завершение разработки метода оценки времен с помощью сцепления трех локусов, применение метода к экспериментальным данным из открытых источников **2020-2021** Цель 1: изучение генетического разнообразия коренных народов Южной Америки Цель 2: разработка метода оценки времен с помощью сцепления трех локусов

Ожидаемые результаты

**2021-2022**
- Разработанный метод для оценки времен перемешиваний популяций из трехлокусного неравновесного сцепления генов.
**2020-2021**
- Разработанный конвейер для анализа древней и современной ДНК.
- Результаты анализа экспериментальных данных.
- Разработанный метод для оценки времен перемешиваний популяций из трехлокусного неравновесного сцепления генов.

Форма и способы промежуточного контроля

Еженедельные личные встречи, отчёты, Slack, Trello.

Форма представления результатов

Отчёт, программный код на GitHub.

Ресурсное обеспечение

Суперкомпьютер НИУ ВШЭ, библиотека НИУ ВШЭ, ресурсы международной лаборатории статистической и вычислительной геномики.

Имеющийся задел

На первом этапе проекта был разработан прототип метода. На втором этапе будет расширен функционал, улучшена точность, произведена оптимизация прораммного кода. Также метод будет применен к экмпериментальным данным из открытых источников (1000 Genome Project, SGDP).