В настоящее время разработка новых антибиотиков значительно замедлилась по сравнению с ХХ веком, а существующие лекарства теряют эффективность из-за развития устойчивости к ним у различных микроорганизмов. Это является серьёзной проблемой и требует поиска новых соединений, которые бы не уступали по эффективности существующим антибиотикам, при этом не обладали бы высокой токсичностью для организма человека и не вызывали появления резистентности к ним со стороны патогенных...Подробнее

С помощью методов молекулярного компьютерного моделирования изучить влияние точечных мутаций в аминокислотной последовательности альфа-спиральных 11-12-членных мембрано-активных пептидов на пространственную упаковку данных молекул и межмолекулярные контакты: пептид – мембрана. Анализ структурно-динамических параметров и характера связывания пептидов с модельной мембраной, которые имеют минимальные отличия (одна аминокислотная замена) позволят более корректно оценить вклад факторов,...Подробнее

Еженедельные обсуждения текущих результатов

Научный отчёт

Пакеты программ (Gromacs, Impulse, Platinum) для проведения молекулярного моделирования и обработки полученных результатов. Компьютерный кластер на базе лаборатории Моделирования биомолекулярных систем ГНЦ ИБХ РАН для расчетов МД.

Ранее [Lohan, JMC2022], для ряда de novo синтезированных альфа-спиральных пептидов, показавших хороший уровень антимикробной активности (бактерии и грибы) были проведены расчеты МД молекул в водном и мембранном окружениях. На основе анализа данных МД выдвинуты гипотезы о связи структурно-динамических параметров пептидов (таких как длина а/к последовательности, соотношение общего заряда и гидрофобной компоненты, наличие определённых аминокислотных остатков, их положение в а/к последовательности,...Подробнее