2175 Взаимосвязь «структура-активность» для коротких антимикробных пептидов: анализ in silico

Ефремов Роман Гербертович

руководитель проекта

Старт

21.01.2025

Представление

27.01.2025 – 07.02.2025

Постерная сессия

14.04.2025 – 25.04.2025

Защита

05.11.2025 – 19.11.2025

Пересдача

06.02.2026 – 13.02.2026

Паспорт проекта

Аннотация

В настоящее время разработка новых антибиотиков значительно замедлилась по сравнению с ХХ веком, а существующие лекарства теряют эффективность из-за развития устойчивости к ним у различных микроорганизмов. Это является серьёзной проблемой и требует поиска новых соединений, которые бы не уступали по эффективности существующим антибиотикам, при этом не обладали бы высокой токсичностью для организма человека и не вызывали появления резистентности к ним со стороны патогенных...

Отрасль

Биология

Цель

С помощью методов молекулярного компьютерного моделирования изучить влияние точечных мутаций в аминокислотной последовательности альфа-спиральных 11-12-членных мембрано-активных пептидов на пространственную упаковку данных молекул и межмолекулярные контакты: пептид – мембрана. Анализ структурно-динамических параметров и характера связывания пептидов с модельной мембраной, которые имеют минимальные отличия (одна аминокислотная замена) позволят более корректно оценить вклад факторов,...

Ожидаемые результаты

Проведение расчётов молекулярной динамики (МД) ряда пептидов в водном окружении, а также в присутствии мембран разного состава.
Анализ полученных в МД конформаций пептидов, оценка стабильности их вторичной структуры, картирование гидрофобных свойств молекулярной поверхности.
Детальный анализ межмолекулярных взаимодействий пептид – липиды, а также эффективности и геометрии связывания пептид-мембрана.

Форма и способы промежуточного контроля

Еженедельные обсуждения текущих результатов

Форма представления результатов

Научный отчёт

Ресурсное обеспечение

Пакеты программ (Gromacs, Impulse, Platinum) для проведения молекулярного моделирования и обработки полученных результатов. Компьютерный кластер на базе лаборатории Моделирования биомолекулярных систем ГНЦ ИБХ РАН для расчетов МД.

Имеющийся задел

Ранее [Lohan, JMC2022], для ряда de novo синтезированных альфа-спиральных пептидов, показавших хороший уровень антимикробной активности (бактерии и грибы) были проведены расчеты МД молекул в водном и мембранном окружениях. На основе анализа данных МД выдвинуты гипотезы о связи структурно-динамических параметров пептидов (таких как длина а/к последовательности, соотношение общего заряда и гидрофобной компоненты, наличие определённых аминокислотных остатков, их положение в а/к последовательности,...