1687 Исследование кластеризации молекул в жидкостях методом молекулярной динамики

Писарев Василий Вячеславович

руководитель проекта

Старт

01.11.2023

Представление

27.01.2024 – 07.02.2024

Постерная сессия

22.04.2024

Защита

16.05.2024

Паспорт проекта

Аннотация

В работе предполагается исследовать распределение по размерам кластеров частиц в бинарных жидких смесях и кластеры пи-стекинга в жидких ароматических углеводородах. Для этого предлагаются следующие этапы работы: - расчет радиальной функции распределения молекул и определение расстояния до сферы ближайших соседей - написание программы для выделения кластеров частиц - идентификация кластеров в жидкой смеси циклогексан-толуол на основе данных молекулярно-динамического моделирования - построение...

Отрасль

Информатика

Цель

Изучение распределения по размерам кластеров частиц в бинарных жидких смесях и кластеры пи-стекинга в жидких ароматических углеводородах.

Ожидаемые результаты

Написание модуля для выделения кластеров частиц для пакета MDProcessing.jl.
Распределения кластеров по размерам в зависимости от температуры и давления, рассчитанные методом молекулярной динамики.

Форма и способы промежуточного контроля

Консультации с руководителем проекта - еженедельно. Оценка работы и временных затрат в Wekan.

Форма представления результатов

Осень 2023: - представление проекта Начало 2024: - постерная сессия МИЭМ Апрель 2024: - презентация на конференции МФТИ (при наличии достаточных результатов) Зима-весна 2024: - доклад на семинаре МЛ САММА При наличии результатов с высокой научной значимостью будет рассматриваться возможность подачи публикации в научный журнал.

Ресурсное обеспечение

Доступ к вычислительному кластеру cHARISMa для проведения молекулярно-динамического моделирования

Имеющийся задел

Метод молекулярно-динамического моделирования широко используется в работе МЛ САММА. Методика моделирования органических жидкостей отработана ранее в работах лаборатории (https://publications.hse.ru/view/773660365, https://publications.hse.ru/view/721079837, https://publications.hse.ru/view/817802341). Структурные модели молекул предполагается генерировать с использованием сервиса LigParGen (http://zarbi.chem.yale.edu/ligpargen/). В лаборатории САММА разрабатывается библиотека для обработки...