Эффективный размер популяции - одна из важнейших величин в популяционной генетике, описывающий генетическое разнообразие популяции. Метод PSMC (H. Li and R. Durbin. Nature 2011) является одним из наиболее часто используемых методов для оценки изменений эффективного размера популяций. Этот метод основан на оценке распределения времени до общего предка вдоль диплоидного генома при помощи скрытой марковской модели, где скрытыми состояниями являются времена до общего предка, а наблюдениями -...Подробнее

Разработка метода для оценки истории изменения эффективного размера популяции из диплоидных полногеномных последовательностей, представленных в виде правдоподобий генотипов.

Личные встречи с руководителем, отчеты

Отчет, программный код

Суперкомпьютер НИУ ВШЭ, ресурсы лаборатории

На данный момент имеется прототип метода ngsPCMS для оценки изменения эффективного размера популяции для данных, представленных в виде правдоподобия генотипов. Такое представление важно для NGS данных, особенно с невысокой глубиной секвенирования. Прототип проверен для работы с синтетическими и экспериментальными данными. Показано, что метод сопоставим по точности с оригинальным методом PSMC, предназначенным для работы с коллированными генотипами, вплоть до глубины покрытия 4x.