Завершен
2022 / 2023
1486 ngsPSMC: метод оценки эффективного размера популяции из правдоподобия генотипов
Старт
26.01.2023
Представление
03.02.2023
Постерная сессия
27.04.2023
Защита
03.11.2023
Паспорт проекта
Аннотация
Эффективный размер популяции - одна из важнейших величин в популяционной генетике, описывающий генетическое разнообразие популяции. Метод PSMC (H. Li and R. Durbin. Nature 2011) является одним из наиболее часто используемых методов для оценки изменений эффективного размера популяций. Этот метод основан на оценке распределения времени до общего предка вдоль диплоидного генома при помощи скрытой марковской модели, где скрытыми состояниями являются времена до общего предка, а наблюдениями -...
Отрасль
Информатика
Теги
Информатика
Цель
Разработка метода для оценки истории изменения эффективного размера популяции из диплоидных полногеномных последовательностей, представленных в виде правдоподобий генотипов.
Ожидаемые результаты
- - Прототип метода для оценки истории изменения эффективного размера популяции из диплоидного генома, представленного в виде правдоподобий генотипов.
- - Качественная оценка точности метода в зависимости от покрытия для синтетических и экспериментальных данных.
- - Оценка необходимых вычислительных ресурсов.
Форма и способы промежуточного контроля
Личные встречи с руководителем, отчеты
Форма представления результатов
Отчет, программный код
Ресурсное обеспечение
Суперкомпьютер НИУ ВШЭ, ресурсы лаборатории
Имеющийся задел
Прототип метода ngsPSMC https://github.com/ANGSD/ngsPSMC
Заказчик
НИУ ВШЭ / Международная лаборатория статистической и вычислительной геномики