Завершен
2022 / 2023
1276 Поиск эпистатических взаимодействий в геноме Mycobacterium tuberculosis ассоциированных с лекарственной устойчивостью
Старт
11.10.2022
Представление
22.10.2022
Постерная сессия
23.01.2023
Защита
31.05.2023
Паспорт проекта
Аннотация
В последнее время предпринимаются попытки обнаружить новые гены и мутации, которые объясняют приобретение устойчивости возбудителя туберкулеза к противомикробным препаратам. Для того чтобы избежать быстрого приобретения устойчивости, туберкулез лечат коктейлями препаратов. Большое число секвенированных полногеномных генотипов с экспериментально измеренными фенотипами - восприимчивость/устойчивость к применяемым противомикробным препаратам позволяют проводить полногеномные ассоциативные...
Отрасль
Информатика
Теги
Информатика
Цель
Найти пары мутаций в геноме M. tuberculosis, ассоциированные с приобретением устойчивости к лекарственным препаратам
Ожидаемые результаты
- Построить DCA-модели белков M. tuberculosis и использовать их для оценки эффектов мутаций и их агрегации в сложные признаки
- Построить модель связи генотип-фенотип, учитывающую пары агрегированных признаков
- Найти одиночные и парные признаки, ассоциированные с приобретением лекарственной устойчивости
Форма и способы промежуточного контроля
Еженедельные личные встречи, отчёты
Форма представления результатов
Отчёт, черновик статьи, программный код на GitHub
Ресурсное обеспечение
Суперкомпьютер НИУ ВШЭ, библиотека НИУ ВШЭ, ресурсы международной лаборатории статистической и вычислительной геномики.
Имеющийся задел
DOI: 10.1101/2022.03.16.484601
Заказчик
НИУ ВШЭ / Международная лаборатория статистической и вычислительной геномики