Логотип МИЭМ НИУ ВШЭ
Завершен
Логотип типа проекта Научно-исследовательская работа
Научно-исследовательская работа
2022 / 2023
Логотип проекта Поиск сигнала изменения отбора в геноме вирусов гриппа А в период пандемии Covid-19

    1263 Поиск сигнала изменения отбора в геноме вирусов гриппа А в период пандемии Covid-19

    Старт
    11.10.2022
    Представление
    27.01.2024 – 07.02.2024
    Постерная сессия
    14.04.2024 – 25.04.2024
    Защита
    02.06.2024 – 13.06.2024

    Паспорт проекта

    Аннотация

    В период 2020 - 2021 в большинстве стран мира применялись жесткие меры социального разобщения с целью уменьшения числа контактов, что привело к резкому снижению заболеваемости гриппом и другими респираторными инфекциями. Однако, за этот период не произошло эллиминации вирусов гриппа. В международной базе данных GISAID за этот период доступно для анализа несколько тысяч изолятов вирусов гриппа А. Представляет интерес сравнить генетическую изменчивость вирусной популяции до и во время пандемии и...

    Отрасль

    Информатика

    Теги

    Информатика

    Цель

    Сравнить генетическую изменчивость вирусов гриппа А H3N2 и pdm09_H1N1 до пандемии Covid-19 и во время применения жестких мер социального разобщения 2020-2021 г.

    Ожидаемые результаты

    • Реконструировать из генетических данных динамику изменения численности популяции и эффективного репродуктивного числа для вирусов гриппа в период пандемии
      • Сравнить силу отбора в генах вирусов гриппа до и во время пандемии
        • Найти сайты в белках гриппа в которых отбор изменился

          Форма и способы промежуточного контроля

          Еженедельные личные встречи, отчёты

          Форма представления результатов

          Отчёт, черновик текста статьи, программный код на GitHub

          Ресурсное обеспечение

          Суперкомпьютер НИУ ВШЭ, библиотека НИУ ВШЭ, ресурсы международной лаборатории статистической и вычислительной геномики

          Имеющийся задел

          https://doi.org/10.1073/pnas.1904246116

          Заказчик

          НИУ ВШЭ / Международная лаборатория статистической и вычислительной геномики