Завершен
2022 / 2023

1263 Поиск сигнала изменения отбора в геноме вирусов гриппа А в период пандемии Covid-19
Старт
11.10.2022
Представление
27.01.2024 – 07.02.2024
Постерная сессия
14.04.2024 – 25.04.2024
Защита
02.06.2024 – 13.06.2024
Паспорт проекта
Аннотация
В период 2020 - 2021 в большинстве стран мира применялись жесткие меры социального разобщения с целью уменьшения числа контактов, что привело к резкому снижению заболеваемости гриппом и другими респираторными инфекциями. Однако, за этот период не произошло эллиминации вирусов гриппа. В международной базе данных GISAID за этот период доступно для анализа несколько тысяч изолятов вирусов гриппа А. Представляет интерес сравнить генетическую изменчивость вирусной популяции до и во время пандемии и...
Отрасль
Информатика
Теги
Информатика
Цель
Сравнить генетическую изменчивость вирусов гриппа А H3N2 и pdm09_H1N1 до пандемии Covid-19 и во время применения жестких мер социального разобщения 2020-2021 г.
Ожидаемые результаты
- Реконструировать из генетических данных динамику изменения численности популяции и эффективного репродуктивного числа для вирусов гриппа в период пандемии
- Сравнить силу отбора в генах вирусов гриппа до и во время пандемии
- Найти сайты в белках гриппа в которых отбор изменился
Форма и способы промежуточного контроля
Еженедельные личные встречи, отчёты
Форма представления результатов
Отчёт, черновик текста статьи, программный код на GitHub
Ресурсное обеспечение
Суперкомпьютер НИУ ВШЭ, библиотека НИУ ВШЭ, ресурсы международной лаборатории статистической и вычислительной геномики
Имеющийся задел
https://doi.org/10.1073/pnas.1904246116
Заказчик
НИУ ВШЭ / Международная лаборатория статистической и вычислительной геномики