Завершен
2022 / 2023
1231 Оптимизация задачи поиска ближайших соседей в молекулярном моделировании
Старт
06.09.2022
Представление
22.10.2022
Постерная сессия
27.04.2023
Защита
08.06.2023
Паспорт проекта
Аннотация
Задача поиска ближайших соседей важна в молекулярном моделировании для оптимизации расчета сил и для расчета локальных параметров порядка. В литературе предложено несколько методов для решения этой задачи. В рамках проекта предлагается сравнить производительность нескольких подходов для типичных задач анализа молекулярно-динамических траекторий - расчет сил, расчет парных корреляционных функций, определение параметров порядка - и реализовать наиболее оптимальный подход для разрабатываемой в...
Отрасль
Информатика
Теги
Информатика
Цель
Целью проекта является анализ производительности различных подходов к задаче поиска ближайших соседей внутри заданного радиуса (fixed-radius nearest neighbors, FRNN)
Ожидаемые результаты
- Выбор более производительного (по сравнению с реализованным на октябрь 2021) способа построения списков ближайших соседей для разрабатываемой программной библиотеки.
Форма и способы промежуточного контроля
Обсуждение работы с руководителем проекта
Форма представления результатов
Отчет, выступление на отчетной сессии МИЭМ, реализованный программный модуль
Ресурсное обеспечение
Доступ к вычислительному кластеру НИУ ВШЭ
Имеющийся задел
Реализация списков ячеек в библиотеке MDProcessing.jl (https://gitlab.com/pisarevvv/mdprocessing.jl)
Заказчик
НИУ ВШЭ / Международная лаборатория суперкомпьютерного атомистического моделирования и многомасштабного анализа