Завершен
2021 / 2022
1008 Исследование в вычислительном эксперименте проникновения рибосом-инактивирующих токсинов через клеточную мембрану
Старт
01.09.2021
Представление
09.10.2021
Постерная сессия
16.02.2022
Защита
18.04.2022
Паспорт проекта
Аннотация
Рибосом-инактивирующие токсины (РИТ) вызывают гибель клеток, блокируя синтез белков. Белки семейства РИТ или их активные субъединицы структурно близки, но при этом имеют широкий диапазон активности. Важным этапом их функционирования является проникновение через мембрану клетки с последующим восстановлением пространственной структуры в цитоплазме. Точной информации о том, как различные РИТ проникают в клетку, на данный момент нет. Данный процесс может проходить по различным путям – через...
Отрасль
Информатика
Теги
Информатика
Цель
Исследование в компьютерном эксперименте молекулярных механизмов переноса рибосом-инактивирующих токсинов (РИТ) через липидную мембрану
Ожидаемые результаты
- 1. Характеризация методами молекулярного компьютерного моделирования структурной пластичности трихобакина (TBK) из растения Trichosantes - белка из семейства РИТ. Исследование влияния микроокружения на изменение структуры белка.
- 2. Компьютерное моделирование связывания белка ТВК с мембраной и исследование стабильности структуры белка в ходе данного процесса. Изучение влияния рН окружения белка на эффективность его взаимодействия с мембраной.
Форма и способы промежуточного контроля
• Обсуждение результатов с научным руководителем - 2 раза в неделю.
Форма представления результатов
• Отчет о выполнении проекта.
Ресурсное обеспечение
• Gromacs (пакет программ молекулярного моделирования);
• Пакеты программ для обработки результатов молекулярного моделирования (в т.ч. разработанные в ИБХ РАН);
• Доступ к высокопроизводительной вычислительной технике для проведения расчетов МД белков в мембранах.
Имеющийся задел
Базовые знания студентов, полученные до поступления в магистратуру НИУ ВШЭ.
Заказчик
МИЭМ / ДПМ